Der Schwere Kreuzer Prinz Eugen war ein Kriegsschiff der deutschen Kriegsmarine und gehörte der Admiral-Hipper-Klasse an. Er wurde nach dem österreichischen Feldherrn Prinz Eugen von Savoyen benannt.

Im weiteren Verlauf der Operation kam es dann zu dem bekannten Seegefecht zwischen den beiden deutschen Schiffen und zwei schweren britischen Einheiten. Der Schlachtkreuzer Hood wurde versenkt und das Schlachtschiff Prince of Wales schwer beschädigt. Die Prinz Eugen wurde anschließend zum selbständigen Handelskrieg aus dem Verband entlassen. Am 25./26. Mai 1941 übernahm der Kreuzer noch einmal Öl von dem Tanker Spichern, Maschinenschäden zwangen dann jedoch zum Abbruch des Unternehmens. Am 1. Juni erreichte der Kreuzer Brest.

In den folgenden Monaten lag die Prinz Eugen in Brest. Sie wurde bei einem Luftangriff in der Nacht des 1. Juli 1941[6] von einer Bombe schwer getroffen; dabei wurden 60 Mann getötet, darunter der Erste Offizier, Fregattenkapitän Stooß. Die Instandsetzungsarbeiten dauerten bis Mitte Dezember. Anfang 1942 wurde von Adolf Hitler der Rückmarsch nach Deutschland befohlen. Dieser erfolgte gemeinsam mit den Schlachtschiffen Gneisenau und Scharnhorst, die ebenfalls bereits längere Zeit in Frankreich festgelegen hatten. Für den Rückweg wurde der zwar kurze, aber riskante Weg durch den Ärmelkanal gewählt. Mit starker Luftunterstützung und unter Sicherung durch zahlreiche kleinere Einheiten der Kriegsmarine gelang der Kanaldurchbruch in der Zeit vom 11. Februar bis zum 13. Februar 1942. Bei dieser Aktion blieb die Prinz Eugen als einzige der großen Einheiten unbeschädigt, hatte aber den einzigen Personenverlust der drei großen Schiffe zu beklagen. Das Unternehmen Cerberus war der erste erfolgreiche Durchbruch einer feindlichen Flotte durch den Ärmelkanal seit Jahrhunderten. Trotz des taktischen Erfolges war der Rückzug der schweren Einheiten nach Deutschland eine strategische Niederlage für die Kriegsmarine, da die direkte Bedrohung für alliierte Geleitzüge im Atlantik deutlich geringer wurde.

Auf der Weiterfahrt über Trondheim nach Narvik (Unternehmen Sportpalast) erlitt die Prinz Eugen am 23. Februar 1942 durch einen Torpedotreffer des britischen U-Bootes Trident schwere Beschädigungen am Heck, das abknickte. Im Lofjord bei Trondheim wurde das Schiff von dem Werkstattschiff Huascaran notdürftig repariert und mit einem manuell betriebenen Notruder ausgestattet. Am 16. Mai kehrte die Prinz Eugen nach Kiel zurück (Unternehmen Zauberflöte), um auf der Werft der Deutschen Werke ein neues Heck zu erhalten. Nach der Reparatur und der Wiederherstellung der Einsatzbereitschaft schlugen im Januar 1943 zwei Verlegungsversuche nach Norwegen fehl. Nach dem fehlgeschlagenen Unternehmen Regenbogen wurde der Kreuzer im April den Ausbildungsverbänden zugeteilt. Ursprünglich sollten auf Befehl Hitlers alle schweren Einheiten außer Dienst gestellt werden, was Karl Dönitz als neuer Oberbefehlshaber der Kriegsmarine verhindern konnte. Vom 5. April 1943 bis zum 11. Oktober 1943, unterbrochen von einigen Seetagen, Aufenthalten im Außenhafen Libau und auf Reede u. a. Hela, war die Prinz Eugen in Gotenhafen stationiert. Am 7. Oktober 1943 wurde der Besatzung bei einer Abschlussbesichtigung durch den Chef des Ausbildungsverbandes, Vizeadmiral August Thiele, durch den Kommandanten mitgeteilt, dass die Prinz Eugen wieder zum "Frontschiff" werde. Am 9. Oktober 1943 wurde Gotenhafen, in dessen Hafen die Prinz Eugen lag, Ziel eines Bombenangriffes (mindestens 80 Flugzeuge). Im Zuge dieses Luftangriffes wurden die Stuttgart und ein kleiner Schlepper versenkt. Am 11. Oktober 1943 befand sich die Prinz Eugen im Dock von Gotenhafen. Ab August 1944 unterstützte das Schiff Landoperationen des Heeres an der Ostfront. Am 20. August 1944 unterstützte die Prinz Eugen Angriffe deutscher Heerestruppen durch Artilleriebeschuss der Stadt Tukums in Kurland. Am 15. Oktober 1944 kehrte sie zur Munitionsergänzung nach Gotenhafen zurück. Dabei rammte sie bei schlechter Sicht den Leichten Kreuzer Leipzig und beschädigte ihn schwer; 27 Besatzungsmitglieder des Kreuzers kamen ums Leben. Beide Schiffe konnten erst am nächsten Tag mit Schlepperhilfe voneinander getrennt werden. Da die Schäden am Bug der Prinz Eugen keinen Werftaufenthalt notwendig machten, konnte sie in den darauffolgenden zwei Wochen in Gotenhafen wieder einsatzfähig gemacht werden. Anschließend nahm sie – als Teil der Kampfgruppe Thiele – wieder an den Kämpfen im Osten teil (Sworbe, Königsberg, Danzig etc.). Zudem folgten ab Januar 1945 Einsätze zur Evakuierung von Verwundeten und Zivilisten aus Ostpreußen. Am 29. März 1945 verließ das Schiff Gotenhafen und erreichte am 20. April 1945 Kopenhagen. Mangels Brennstoff konnte es bis zum Kriegsende nicht mehr auslaufen.

Nach der deutschen Kapitulation kam der Kreuzer, der als einzige schwere Einheit der deutschen Kriegsmarine den Zweiten Weltkrieg überstanden hatte, in Kopenhagen unter britisches Kommando.[16] Ende Mai 1945 wurde er mit einigen anderen deutschen Schiffen nach Wilhelmshaven gebracht. Im Dezember 1945 fiel das Schiff dann per Losentscheid als Kriegsbeute an die USA, die das Schiff am 5. Januar 1946 unter Beibehaltung des Namens mit der Kennung „IX-300“ in den Bestand der US Navy einreihte. 574 deutsche Besatzungsmitglieder verblieben weiterhin auf dem Schiff, um die an Bord befindlichen Angehörigen der US Navy in die technischen Belange einzuweisen. Am 13. Januar 1946 überführte man das Schiff nach Philadelphia, wobei es beim zwischenzeitlichen Anlaufen von Boston als ehemals feindliches Schiff ein größeres Medienecho erlebte. In Philadelphia wurden in einer Marinewerft diverse Ausrüstungsgegenstände ausgebaut, darunter die beiden Geschütze aus Turm A, die Entfernungsmesser für die schwere Artillerie und die 10,5-cm-Flak, mehrere Fla-Geschütze der Kaliber 10,5 und 4 cm sowie das Flugzeugkatapult. Am 1. Mai 1946 passierte die Prinz Eugen den Panamakanal auf dem Weg nach San Diego. Im Pazifik wurde das Schiff weiteren Tests unterzogen und dabei auch die Leistungsfähigkeit des Gruppenhorchgeräts festgestellt, welches daraufhin ausgebaut wurde und später Verwendung in der zum Versuchsboot umgebauten Flying Fish fand. Am 10. Mai 1946 erreichte das Schiff im Schlepp, weil nur noch ein Kessel arbeitete, Honolulu. Zuvor hatten die letzten deutschen Besatzungsmitglieder die Prinz Eugen verlassen, nachdem deren Zahl bereits schrittweise bis auf 134 verringert worden war